Zaskarżone przepisy dotyczyły m.in. likwidacji pozwoleń na budowę i wprowadzenia w ich miejsce zawiadomień o budowie, sposobów wnoszenia sprzeciwu oraz legalizacji niektórych samowoli budowlanych.
Trybunał generalnie podzielił zarzuty, jakie we wniosku o zbadanie ustawy podniósł w maju 2009 r. prezydent Lech Kaczyński. TK orzekł, że zaskarżone przepisy naruszają interesy indywidualne oraz interes publiczny, a zwłaszcza nie gwarantują odpowiedniej ochrony praw osób trzecich, co z kolei narusza konstytucyjną zasadę sprawiedliwości społecznej.
Ponieważ Trybunał stwierdził, że niekonstytucyjne przepisy są "nierozerwalnie związane" z całą ustawą, wobec tego nie może ona wejść w życie. "Potraktowanie jako konstytucyjnej ustawy bez przepisów kluczowych w procesie budowlanym było pozbawione jakiegokolwiek sensu" - powiedziała w uzasadnieniu orzeczenia TK sędzia Teresa Liszcz.
Nowelizacja zamiast pozwoleń na budowę wprowadzała zawiadomienia o zamiarze jej rozpoczęcia. Brak reakcji organu administracji na zgłoszenie w ciągu 30 dni oznaczałby milczącą zgodę na rozpoczęcie inwestycji. Trybunał podzielił argumentację, że nie gwarantuje to odpowiedniej ochrony praw osób trzecich - np. sąsiadów - których interesy mogłyby zostać naruszone przy okazji budowy, np. z powodu niekorzystnego wpływu budowli na środowisko czy znaczącego obniżenia wartości ich nieruchomości.
Występujący w imieniu prezydenta mec. Roman Nowosielski argumentował, że milczenie urzędu, które oznacza zgodę na budowę, nie daje się w żaden sposób zaskarżyć - cała procedura odbywa się w tajemnicy, bo tylko organ administracyjny ma pełną wiedzę o postępowaniu. Jak mówił, to prawo przerzuca z państwa na obywateli konieczność dbania o swoje prawa, do czego nie są odpowiednio przygotowani. Podobne stanowisko zajął przedstawiciel prokuratora generalnego Robert Hernand.
Broniący w imieniu Sejmu przepisów poseł Witold Pahl podnosił, że nowelizacja jest działaniem w kierunku upodmiotowienia obywatela, który - jak mówił - nie potrzebuje aż tyle uzależniającej opieki państwa. Zwracał uwagę, że organ administracyjny nadal ma obowiązki, polegające np. na wykazaniu inwestorowi, że jego działania są nielegalne.
Trybunał stwierdził, że złożenie zgłoszenia nie jest równoznaczne ze wszczęciem postępowania administracyjnego, w trakcie którego weryfikowane są stanowiska wszystkich stron, włącznie z osobami trzecimi. Osoby te, których prawa mogą zostać naruszone, w rzeczywistości są eliminowane z postępowania w dotyczącej ich sprawie, a to stanowi drastyczne naruszenie konstytucyjnej gwarancji ochrony ich praw - argumentował. Narusza to też zasadę zaufania obywateli do państwa - ocenił TK.
Nowelizacja przewidywała, że w razie sprzeciwów osób trzecich, mogłyby one dochodzić swoich praw na drodze cywilno-prawnej. W ocenie Trybunału, droga ta jest długotrwała i kosztowna, a to znacząco pogarsza sytuację tych osób oraz oznacza, że państwo rezygnuje z ochrony o charakterze prewencyjnym ich praw.
Trybunał zauważył też, że w zasadzie, poza przyspieszeniem procedury, brak uzasadnienia dla wprowadzenia takich zasad, które dają przewagę ochronie interesów inwestora. Ta przewaga z kolei narusza konstytucyjną zasadę sprawiedliwości społecznej - uznał TK.
Odnosząc się do zaskarżonego przepisu dotyczącego sytuacji, gdy organ administracji może wnieść sprzeciw do planów inwestora, Trybunał stwierdził, że wymienione warunki tego sprzeciwu pozostawiają zbyt mało miejsca na ochronę praw osób trzecich.
Z kolei zapisy dotyczące legalizacji samowoli budowlanych sprzed 1995 r., pod warunkiem, że wcześniej nie prowadzono wobec samowoli żadnego postępowania administracyjnego, TK uznał za "demoralizujące". Zakładana przez ustawę legalizacja samowoli z mocy prawa to fikcja prawna, przechodząca do porządku dziennego nad interesami osób trzecich i pozostawiająca poszkodowanych przez samowolę bez ochrony.
W ustnym uzasadnieniu wyroku sędzia Teresa Liszcz zauważyła też, że liczne inne przepisy nowelizacji także okazały się niekonstytucyjne, choć Trybunał nie mógł ich badać, bo nie były zaskarżone. Podkreśliła też, że TK generalnie opowiada się za uproszczeniem procedury budowlanej.
Wyrok Trybunału jest ostateczny.
Nowelizacja, która powstała w sejmowej komisji "Przyjazne państwo", została przyjęta 23 kwietnia 2009. Na początku maja 2009 wniosek do prezydenta o wysłanie jej do TK złożył ówczesny Rzecznik Praw Obywatelskich Janusz Kochanowski. Podobne wnioski do prezydenckiej kancelarii skierowało 17 stowarzyszeń obywatelskich. W rezultacie prezydent Lech Kaczyński skierował ustawę do TK, by ten ją zbadał przed wejściem w życie.