Podatnicy coraz częściej odwołują się od decyzji podejmowanych przez organy podatkowe. W połowie przypadków czas trwania postępowań odwoławczych przekracza ustawowy limit. Odsetek decyzji uchylanych w postępowaniu odwoławczym przez izby skarbowe nadal jest wysoki. Od 2011 r. do połowy 2013 r. co czternasta wydana przez urzędników interpretacja podatkowa została zaskarżona do sądów administracyjnych. W ocenie

Izby taka sytuacja przyczynia się do spadku zaufania obywateli do aparatu skarbowego.

Według NIK, postępowania podatkowe były w większości przypadków prowadzone terminowo, przy zapewnieniu podatnikom czynnego udziału. W celu poprawy jakości obsługi podatników w urzędach skarbowych wprowadzano zmiany organizacyjne, organizowano szkolenia dla pracowników.

Jednocześnie kontrola NIK wykazała, że poprawy wymaga kilka obszarów. Chodzi między innymi o niską jakość decyzji organów podatkowych, o której świadczy rosnąca liczba odwołań podatników od tych decyzji. Izba pisze także o wysokim odsetku uchylonych decyzji organów pierwszej instancji. Rośnie także zapotrzebowanie na interpretacje prawa podatkowego, co potwierdza brak przejrzystości i wysoki poziom skomplikowania tego prawa.

Według Najwyższej Izby Kontroli niejasność oraz niezgodność krajowych przepisów podatkowych z regulacjami wspólnotowymi UE i z Konstytucją RP to także przyczyna niskiej jakości wydawanych decyzji i interpretacji podatkowych. Z drugiej strony na wadliwość decyzji urzędniczych wpływ mają braki kadrowe i nadmierne obciążenie pracą.

Po kontroli NIK wniosła do Ministra Finansów o wypracowanie przejrzystych, spójnych i stabilnych przepisów prawa podatkowego, zgodnych z dyrektywami i orzecznictwem prawa wspólnotowego. Resort powinien też podjąć działania w celu poprawy jednolitości i prawidłowości wydawanych interpretacji indywidualnych oraz skrócenia terminów zajmowania stanowiska w związku z problemami interpretacyjnymi przepisów, zgłaszanymi przez organy podatkowe.