Urzędy skarbowe, jak i urzędy kontroli skarbowej wszczynają postępowania kontrolne z różnych powodów. Podstawą do rozpoczęcia postępowań mogą być np. informacje z innych organów, takich jak m.in. prokuratura, sądy, inne urzędy skarbowe lub też donosy oraz analiza własna informacji zgromadzonych w danym urzędzie. Powodem mogą też być wysokie jednorazowe wydatki podatnika nieuzasadniające pokrycia w uzyskiwanych dochodach.

W takich sytuacjach zazwyczaj wszczynana jest kontrola w zakresie nieujawnionych źródel przychodów. W kręgu zainteresowania w zakresie nieujawnionych przychodów znajdują się przede wszystkim osoby nabywające mienie znacznej wartości, osoby o wyrazistej majętności bądź osoby, co do których istnieje przypuszczenie, że mogą uzyskiwać inne niż deklarowane dochody.

Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowany podmiot wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów podatkowych. Urzędnicy dokonują szczegółowej analizy i weryfikacji wszystkich przejawów aktywności podejmowanej przez kontrolowany podmiot, kojarzą fakty i zdarzenia oraz badają ślady i informacje, które pozostawili kontrolowani. Zasady te stosowane są zarówno do podatników działających w sposób tradycyjny, jak i tych aktywnych w internecie.

Gdy urzędnik ma wątpliwości co do poprawności rozliczeń podatkowych danej osoby, zacznie od jej wezwania do urzędu. Przepisy Ordynacji podatkowej przewidują bowiem, że organ podatkowy może wezwać stronę lub inne osoby do złożenia wyjaśnień, zeznań lub dokonania określonej czynności osobiście, przez pełnomocnika lub na piśmie, jeżeli jest to niezbędne dla wyjaśnienia stanu faktycznego lub rozstrzygnięcia sprawy.

Gdy podatnik otrzyma wezwanie z urzędu skarbowego nie może zostawić go bez żadnej reakcji. Wezwany musi osobiście stawić się tylko na obszarze województwa, w którym zamieszkuje lub przebywa. Jeżeli właściwym miejscowo do rozpatrzenia sprawy jest organ podatkowy mający siedzibę na obszarze innego województwa niż to, w którym podatnik przebywa lub mieszka, osoba zobowiązana do osobistego stawienia się może zastrzec, że chce stawić się przed organem właściwym do rozpatrzenia sprawy.

Jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Jeżeli przepisy nie wymagają urzędowego potwierdzenia określonych faktów lub stanu prawnego w drodze zaświadczenia, organ podatkowy odbiera od strony, na jej wniosek, oświadczenie złożone pod rygorem odpowiedzialności karnej za fałszywe zeznania.

Dowodami w postępowaniu podatkowym mogą być w szczególności księgi podatkowe, deklaracje złożone przez stronę, zeznania świadków, opinie biegłych, materiały i informacje zebrane w wyniku oględzin, informacje podatkowe oraz inne dokumenty zgromadzone w toku czynności sprawdzających lub kontroli podatkowej oraz materiały zgromadzone w toku postępowania karnego albo postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe.