Oficjalną przyczyną decyzji jest utrata zaufania. Informacyjna Agencja Radiowa dowiedziała się jednak, że wpływ na odwołanie miały fatalne wyniki za 2013 rok. PKP Intercity przewozi coraz mniej pasażerów, a strata finansowa sięga prawie 100 milionów złotych. Z informacji IAR wynika też, że na utratę stanowiska nie miały ostatnie opóźnienia pociągów spowodowane pogodą.

Janusz Malinowski pełnił funkcję prezesa PKP Intercity od marca 2011 roku.